Les producteurs peuvent réduire au maximum l'impact de maladies comme le mildiou à l'aide de programmes fongicides appropriés. Des techniques de gestion intégrée des cultures qui visent à garder le feuillage sec et exempt de rosée, ou à favoriser la circulation de l'air dans les serres, permettent de réduire l'apparition de foyers de maladies telles que le botrytis et le mildiou.
La stérilisation des sols, le traitement des semences à l'eau chaude et l'utilisation appropriée de bactéricides réduisent les incidences de mouchetures et de chancre bactériens.
Les insectes ravageurs tels que les aleurodes, les thrips et les tétranyques sont plus difficiles à maîtriser en raison de leur résistance croissante aux pesticides. Dans le milieu clos des serres, les insectes prédateurs et les pesticides biologiques sont des atouts de plus en plus utiles.
Dans le cas des cultures en plein champ, il est essentiel de contrôler les mauvaises herbes pour que leurs besoins en eau et en nutriments ne portent pas préjudice aux plants de tomates.